Анализ родословной
То, как генетики и заводчики определяют инбридинг, различаются между собой. Генетик рассматривает инбридинг как измеримое число, которое увеличивается всякий раз, когда есть общий предок на обеих родительских сторонах родословной; заводчик считает инбридингом тесный инбридинг, типа спаривание отец с дочерью или брат с сестрой. Общий предок, даже в восьмом поколении, увеличит измеримую величину инбридинга в родословной.
Коэффициент инбридинга (или коэффициент Райта) - оценка в процентах всех переменных пар генов, которые являются гомозиготными из-за наследования от общих предков. Это также средняя вероятность того, что любая отдельная пара генов является гомозиготной из-за наследования от общего предка. Чтобы определять, является ли специфическое спаривание аутбридингом или инбридингом относительно вашей породы, Вы должны определить средний коэффициент инбридинга в породе. Средний коэффициент инбридинга в породе будет варьироваться в зависимости от популярности породы или возраста ее породной популяции. Спаривание с коэффициентом инбридинга 14 процентов, вычисленным на десятиколенной родословной, будет рассматриваться умеренным инбридингом для лабрадора ретривера (популярной породы с низким средним коэффициентом инбридинга), но будет считаться аутбредной вязкой для ирландского водного спаниеля (редкой породы с более высоким средним коэффициентом инбридинга).
Для того, чтобы расчетный коэффициент инбридинга родословной был более точным, вычисления должны базироваться на нескольких поколениях. Инбридинг в пятых и более поздних поколениях (фоновый инбридинг) часто имеет глубокое влияние на генотип потомства, представленного в родословной. В исследованиях, проведенных с разными породами собак, различие в коэффициентах инбридинга, вычисленных на основе четырех и восьми поколений, различались очень сильно. Четырехколенная родословная, содержащая 28 уникальных предков для 30 позиций в родословной, могла дать низкий коэффициент инбридинга, в то время как та же самая восьмиколенная родословная, которая содержала 212 уникальных предков для 510 возможных позиций, имела значительно более высокий коэффициент инбридинга. Что казалось как аутбредное соединение генов в паре поколений, оказалось лайнбредной концентрацией генов от важных предков в последующих поколениях.
В качестве примера он привел родословную собственной собаки, ирландского сеттера, у которого бабушка и дедушка однопометники.
Илл. 2 показывает саму родословную, илл. 3 - родственные связи, а илл. 4 - коэффициент инбридинга в каждом поколении этой родословной, илл. 5 - коэффициент родства.
В родословной Bilye коэффициент инбридинга, вычисленный по четырем поколениям, составляет 7.81 %. Это незначительно отличается от оценки, основанной на спаривании двоюродных брата и сестры. Коэффициенты инбридинга, вычисленные на основании увеличивающегося числа учитываемых поколений, следующие: для пяти поколений - 13.34 %; для шести поколений - 18.19 %; для семи поколений - 22.78 %; для восьми поколений - 24.01 %; для десяти поколений - 28.63 %; и для двенадцати поколений - 30.81 %. Коэффициент инбридинга в 30.81 процента - это больше, чем Вы нашли бы в спаривании отца (или матери) с дочерью (или сыном соответственно), где этот коэффициент равняется 25 %. Как Вы можете видеть, фоновый инбридинг может иметь гораздо большее влияние на полный коэффициент инбридинга, чем спаривание двоюродного брата и сестры, которое на первый взгляд оказывает самое сильное влияние.
Знание степени инбридинга в родословной не обязательно поможет Вам, если Вы не знаете, чьи гены сконцентрировались в ней. Процентный коэффициент крови оценивает степень родства между предком и индивидуумом, представленным родословной. Он оценивает вероятный процент генов, доставшихся от общего предка. Мы знаем, что родитель передает в среднем 50 % своих генов, в то время как дед передает 25 %, прадед 12.5 %, и так далее. Каждый раз, когда предок появляется в родословной, его процент переданных генов может быть сложен, и оценен его "процент крови".
Во многих породах, "влиятельный" индивидуум может появляться не в первых трех-четырех поколениях, а только в более поздних, но там он появляется так много раз, что это обязательно вносит большую долю генов в родословную. Это может происходить в некоторых породах либо из-за очень плодовитого предка (обычно это кобель-производитель), либо из-за маленькой популяции собак, давших начало этой породе. В двадцати пяти поколениях родословной Bilye есть только 852 уникальных предка, в то время как в ней более чем двадцать миллионов позиций. Анализ показывает наследственный вклад лайнбредных предков в родословную Bilye. Так, CH Afternod Drambuie имеет самый высокий генетический вклад из всех лайнбредных предков. Он появляется 33 раза между шестым и восьмым поколениями. Одно появление в шестом поколении вносит 1.56 % генов в его родословную. Его полный вклад равен 33.2 % генов Bilye, второй по величине вклад после родительского. Поэтому в этой родословной самый влиятельный предок даже не появляется в первых пяти поколениях родословной. Его мать CH Afternod Sue появляется 61 раз между седьмым и десятым поколениями, и вносит больше генов в его родословную, чем дед или бабка.
Первые собаки, которые сформировали породу гордон сеттер, также играют большую роль в генетическом составе сегодняшних собак. Heather Grouse появляется более чем один миллион раз между шестнадцатым и двадцать пятым поколениями, и почти еще столько же раз за пределами двадцать пятого поколения. Он вносит более десяти процентов генов в родословную Bilye. Этот пример показывает, что глубина родословной очень важна в оценке генетического состава индивидуума. Следует ожидать, что любые вредные рецессивные гены, которые нес Heather Grouse или другие собаки, стоявшие у истоков породы, как ожидалось бы, будут широко распространены в породе.